(一)犯罪主体范围限定过窄

　　根据《刑法》第395条第一款的规定，巨额财产来源不明罪的犯罪主体仅限于在职的国家工作人员。但在司法实践中，往往是国家工作人员的亲属抛头露面，而国家工作人员则在幕后操纵指挥。此时，国有工作人员的职权异化为其私权力，成为其亲属大肆敛财的工具，只有对他们共同进行追究，才符合现代法治的精神。但是对其近亲属以及其他与其关系密切的人追究，却没有明确规定。此外部分国家工作人员在职时，并未发现其巨额财产的蛛丝马迹，但是奇怪的是，在其离职或者退休以后，却往往可以突然暴富。但根据我国刑法及司法解释有关规定，在没有证据的情况下，对他们也无法定罪量刑。

　　(二)法定刑过轻、立案标准起点高难以实现立法意图

　　首先，按照1997 年《刑法》规定，巨额财产来源不明罪的最高刑期是五年，而贪污罪与受贿罪的最高法定刑刑期都是死刑，尽管《刑法修正案(七)》将巨额财产来源不明罪的最高法定刑刑期从五年提高到十年，但仍然远远低于性质实质相同的贪污、受贿甚至挪用公款罪的最高法定刑。致使该罪在数罪并罚的过程中所起作用甚微，无关痛痒。正如有的学者所指出：“巨额财产来源不明罪只有一个量刑档次，且量刑幅度较窄，不管来源不明的巨额财产有多少，只能在五年有期徒刑量刑幅度内量刑，不符合”罚当其罪“的原则”。

　　其次，通过对1999年9月16日公布施行的《最高人民检察院关于检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》比较分析可知，贪污罪与受贿罪的入罪起点是五千元，甚至贪污、受贿不满5000元，并且只要符合几种特定情形之一的，也应予以立案。而巨额财产来源不明罪的立案数额却高达30万元(该罪立案数额标准经历了最初的1万元、1993年的5万元、1997年的10万元、1999年的30万元)那么行为人如果持有20多万的巨额不明财产时，都将达不到立案标准。

　　最后，贪污、受贿的隐敝性强，犯罪嫌疑人往往位居高位且具备一定的反侦查能力，从而导致司法机关立案侦查的难度加大，当出现难以查明巨额财产来源的情况时，犯罪嫌疑人就会避重就轻，权衡利弊后选择了沉默从而承担处罚偏轻的巨额财产来源不明罪名，因为“巨额财产来源不明”往往是嫌疑人利用职权贪污、受贿、违法经营等手段所得，在坦白交待将面临着比沉默更为严厉的刑罚时，大多数犯罪嫌疑人都会选择拒不交待巨额财产的真实来源。现实中发生的许多职务犯罪案件“查不清”的财产数额远远大于其被查明来源的贪污受贿数额。此种情况的存在，与该罪立法意图相去甚远。

　　(三)本罪适用的依附性强且法定刑单一，难以发挥预期作用

　　第一、巨额财产来源不明罪名为独立罪名，但实际上该罪依附性极强，多依附于贪污、受贿等“主罪”，司法实践中仅因巨额财产来源不明罪被查处的极为罕见。成了事实上的具有依附性、补漏性的“替补”罪名，而非可以独当一面的“主力”罪名。

　　第二、刑法对于巨额财产来源不明罪的法定刑规定仅限于有期徒刑、拘役这两种自由刑，没有罚金刑或没收财产刑的规定。其中所规定的追缴财产的差额部分根本就不是刑罚，只是将犯罪非法所得收归国家，犯罪分子本人的财产没有受到任何损失，不能从根本上改造贪污腐败分子的贪欲心理。难以真正起到惩罚犯罪的目的。

　　(四)配套机制不完善，没有明确的财产申报法律制度

　　经过近30年的反腐败斗争，我们终于取得一个重要共识，那就是制度防腐比重典反腐更有效。众所周知，完善合理的财产申报制度是巨额财产来源不明罪得以发挥作用的前置制度。1999年5月25日中共中央办公厅、国务院办公厅《关于党政机关县(处)以上领导干部收入申报的规定》初步建立了财产申报制度，上述规定对财产申报的主体、内容、时间、程序、责任等也作了相应的规定。2000年12月中共中央纪委第五次全会发布了《关于领导干部廉洁自律六项规定》，决定实行“领导干部家庭财产报告制度，2001年首先在省(部)级领导干部中实行这项制度”。但上述规定只是一些政策性规定，且财产申报的主体也过于狭窄，可操作性不强。因此可以说，我国至今没有建立与巨额财产来源不明罪相配套的国家工作人员财产申报法律制度。